I gijin, macchine simili a noi, stanno poco a poco sterminando l'umanità. Rei è lo "Zero", l'unico umano che non può essere attaccato da loro, e costituisce l'asso nella manica della sua specie, ora in marcia per il suo ultimo tentativo di resistenza. Durante l'incursione all'Alma, centro nevralgico dei gijin, Rei si troverà a combattere spalla a spalla con i Superclass, i responsabili della fine di Rice, la gijin con la quale il ragazzo aveva vissuto per quindici anni. Il giovane riuscirà a tenere a bada i suoi sentimenti? E quale destino attende il mondo?