Nacque in Venezia il 14 agosto 1552 da Francesco e Lisabetta Morelli ed ebbe al fonte battesimale il nome di Pietro che mutò poi in quello di Paolo quando, a 13 anni, vestì l'abito dell'ordine dei Servi, anche per influenza del servita G. M. Capella, che gli diede la prima educazione.
D'ingegno vivissimo e di cultura eccezionalmente estesa, filosofica, matematica, teologica, a 15 anni già discuteva tesi sulla potestà del concilio e del papa e a 20 era creato dal duca Guglielmo Gonzaga teologo di corte e professore di teologia positiva. Dal 1572 al 1576 attese assiduamente a studî di storia ecclesiastica e diritto canonico e nel 1578 conseguì il dottorato in teologia nell'università di Padova.
Gracile e malaticcio, egli aveva nondimeno un'indomita resistenza allo studio. Un'inestinguibile sete di sapere, un interesse vivo e largo così per il mondo della natura come per quello degli uomini, un profondo senso della dignità individuale costituivano le forze che lo sostenevano nella sua quotidiana fatica e che dovevano sviluppare dal fanciullo prodigio dei primi anni, gonfio di una cultura enciclopedica e superficiale, lo scienziato acuto della scuola galileiana, il pensatore e il polemista della lotta contro la Curia Romana, lo storico e lo scrittore tutto nerbo e muscolo della storia del concilio tridentino.
