La "Confutazione di tutte le eresie" è una delle opere più problematiche della letteratura patristica. Costituita da dieci libri, è stata ricomposta nel secolo XIX, quando si sono uniti i manoscritti conosciuti in precedenza con uno ritrovato sul Monte Athos. Ben presto venne meno l'attribuzione a Origene in favore dell'ipotesi Ippolito, alla quale, in seguito demolita, non segue a tutt'oggi alcuna proposta alternativa. Dopo un'ampia antologia filosofica segue una parte in cui si fa cenno alle dottrine magiche, astrologiche, astronomiche, numero-logiche greche, poi si passa a descrivere le eresie gnostiche. La sezione si conclude con la dottrina di Noeto, per poi passare a una feroce polemica contro papa Callisto, cui segue la descrizione degli Elchasaiti e delle diverse sette giudaiche. II X libro si conclude con una dimostrazione della verità.