Il governo del quadrumviro Cesare Maria De Vecchi di Val Cismon (1936-1940) segnò per le isole egee un periodo di forte pressione da parte fascista e il tentativo di maggiore assimilazione all'Italia. L'entrata in guerra dell'Italia nel 1940 e l'attacco alla Grecia rimisero in questione il destino del Dodecaneso e i sentimenti filoellenici di molti suoi abitanti. Il governo in Egeo del generale Ettore Bastico e dell'ammiraglio Inigo Campioni fu seguito dall'occupazione tedesca dopo l'8 settembre 1943. Si ebbe quindi una situazione unica: un'amministrazione civile italiana, retta dal vicegovernatore Iginio Ugo Faralli, vista con diffidenza sia dai nuovi invasori sia dagl'isolani greco-ortodossi, in un territorio italiano sotto una dura occupazione militare germanica tagliato fuori da collegamenti diretti con l'Italia, mentre gli Ebrei nel 1944 venivano deportati e in gran parte sterminati dai nazisti e le isole vivevano una drammatica carestia sino al termine della guerra. Al periodo di amministrazione militare britannica (1945-1947) fece seguito la definitiva cessione del Dodecaneso alla Grecia, con la comunità italiana costretta ad abbandonare l'Egeo.