Il Supplementum 3 dell'Enchiridion Vaticanum presenta gli indici generali relativi ai documenti raccolti nei volumi 11-20 (anni 1988-2001). Questi indici sono cinque: strutturale, cronologico, per incipit, di emanazione, analitico. Essi costituiscono uno strumento che facilita enormemente l'uso e la consultazione dei volumi, consentendo di reperire prontamente i documenti anche senza conoscerne precisamente la data di emanazione e quindi il rispettivo tomo.