Nell'ultimo dei suoi scritti, il trattato su Lo Spirito Santo, Basilio difende la consustanzialità della natura divina della terza Persona, che insieme col Padre e col Figlio è menzionata nella formula battesimale. Quasi in un testamento spirituale, Basilio fa la sua confessione nel dogma della Trinità. Il trattato presenta gli sviluppi dottrinali più avanzati che aprivano la strada alla definizione del Concilio di Costantinopoli.