Nelle tre Città Volanti sospese nello spazio la vita scorre piacevole e leggera. Così leggera che quasi tutti gli abitanti si spostano volando in ogni direzione. Solo la vecchissima zia Flora, l'intera famiglia Fusco, alcuni personaggi inquietanti e un altrettanto inquietante maestro, comparso all'improvviso, non riescono a staccarsi un centimetro da terra. Il volo verrà proibito a tutti, mentre gli abitanti, gli animali e le farfalle di Margherita inizieranno a sparire. Partono le indagini dell'Ufficio Misteri e Scomparse di Rodolandia, che porteranno a scoprire la storia delle Città Volanti insieme a quella di un mondo distrutto e inquinato dalla cupidigia. A Margherita e Rebecca spetta il compito importante di riportare armonia e leggerezza affinché tutti, cattivi compresi, possano tornare a volare sereni.