Dopo gli eventi di Glass Empires e Age of the Third Arcon, Populla's Shadow segue le gesta dei campioni del Grande Continente; cercando di salvare il mondo dagli spiriti di distruzione. Il continente è in subbuglio e nuove forze stanno sorgendo per rivendicare le loro pretese. Il Trattato di Molina viene infranto e il Terzo Arconte viene ucciso. Quindi, il continente entra in un nuovo periodo d'ombra, che porterà distruzione a tutti. Celoferania, accompagnata da alcuni fidati alleati, si infiltrerà nel territorio del Cigno Bianco e si dirigerà verso l'antica città di montagna di Molina.