Dopo aver sconfitto l'Arcivescovo dell'Accidia del Culto della Strega, Subaru Natsuki riesce a rivedere Emilia. I due ragazzi risolvono i loro problemi personali e si rappacificano, ma ben presto si alza il sipario su una nuova avventura. Metà degli abitanti del villaggio di Earlham, infatti, non è tornata a casa dopo la fuga, così come Ram e il nobile Roswaal. Subaru ed Emilia decidono quindi di recarsi al Santuario che li ospita, ma dovranno fare i conti con l'ostile gente del luogo, con i misteri che nasconde il sorridente margravio e, soprattutto, con una nuova strega...