Era l'anno 2199 D.C. A causa di un attacco generale da parte della potente nazione interstellare Garmillas, la Terra ha subito dei danni devastanti ed è rimasto solo un anno prima dell'estinzione. Per poter sopravvivere, il genere umano ha una sola possibilità: dare il via al progetto "Yamato" e intraprendere un viaggio eroico/per raggiungere, il pianeta Iskandar, lontano 168.000 anni luce.