Era l'anno 2199. La nave spaziale Yamato, partita dalla Terra e diretta verso la Grande Nube di Magellano, raggiunge finalmente Plutone, il pianeta più lontano del sistema solare. Tuttavia sul pianeta Plutone l'impero Garmillas ha messo le basi del fronte principale per l'invasione terrestre. Superato un primo momento di difficoltà, il comandante della Yamato, Juzo Okita, dà il via al piano numero due: radere al suolo la base nemica.